La mare doit être inaccessible de l’extérieur de l’établissement, ainsi que des logements de fonction. Elle doit être située à l’écart de la cour de récréation et des aires de circulation pour éviter les bousculades. Celle-ci doit également être bien visible pour faire l’objet d’une surveillance constante. Aucun élève ne doit pouvoir s’en approcher sans l’accompagnement d’un professeur.
La mare scolaire peut être de très faible profondeur, ce qui limite les risques pour les enfants mais également la richesse de la biodiversité et donc son exploitation pédagogique sera moins intéressante. Une mare plus intéressante présente des profondeurs maximales entre 60 et 80 cm. Il est alors impératif d’aménager au moins une des berges en pente très douce, afin de permettre son accès aux élèves, sur une largeur suffisante pour permettre l’accueil de groupes devant mener des observations. Il est alors souhaitable de matérialiser par des repères très clairs pour les enfants les limites qui ne doivent en aucun cas être franchies (poteaux, cordelettes…).
Par mesure de sécurité, la mare doit être clôturée. Dans l’idéal, la clôture ne doit pas se limiter à la bordure immédiate du plan d’eau mais intégrer un espace sauvage, mais entretenu, plus vaste qui devient lui aussi terrain d’investigation pédagogique et qui permet à l’ensemble du groupe d’accéder au plan d’eau. Le terrain peut être fermé par une haie fleurie ou des fruitiers, ce qui enrichira sa biodiversité.
Des analyses d'eau régulières, notamment lors des périodes de forte chaleur, permettent de s'assurer de la non-contamination de l'eau par des pathogènes.
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