Le choix des espèces végétales et leur répartition peuvent avoir des conséquences sur les capacités d’accueil de la faune ainsi que sur l’entretien qui devra être réalisé au fil des ans
La végétalisation naturelle d’un plan d’eau se fait en fonction du taux d’engorgement du sol. Ainsi, on voit se développer naturellement des ceintures de végétation depuis la surface en eau jusqu’en haut de la berge
A chaque niveau correspond un groupe d’espèces qui s’adapte parfaitement au degré d’humidité. L’implantation de ces espèces trop près ou trop loin de l’eau empêchera leur bon développement. C’est pourquoi la réalisation de plantations sur les berges d’un plan d’eau est souvent très délicate
D’une manière générale, du centre du plan d’eau vers haute de la berge, plusieurs ceintures de végétations se développent :
- Végétation aquatique : espèces enracinées (Nénuphars, Potamots…) ou flottantes (Lentilles d’eau, Cératophylles)
- Végétation amphibie (dite hélophytique) : Roseau, Massette, Rubanier…
- Végétation hygrophile (qui apprécie une forte humidité) : Menthe aquatique, Joncs, Laîches, Salicaire.
- Végétation mésophile (qui apprécie des conditions d’humidité moyennes) : espèces classiques des prairies, Renoncule rampante, trèfles, graminées…
En complément, des arbres et arbustes peuvent se développer à proximité, voire directement sur la berge. Il s'agit essentiellement de saules (arbres et arbustes), de l’Aulne glutineux et du Frêne. Trop proches de la berge, les arbres de grande taille peuvent arracher la berge en se couchant sur le plan d’eau.
Ils ne sont pas à bannir des abords d’un plan d’eau car ils apportent un peu d’ombre et de fraicheur l’été, les racines peuvent maintenir la berge et proposer le gîte à la faune. Ils ne doivent cependant pas être trop présents car la décomposition des feuilles dans l’eau provoque une accélération de l’envasement rendant plus fréquente la nécessité d’un curage.