Si les plantes sont essentielles au bon fonctionnement de l’écosystème, elles peuvent aussi être une menace. Leurs racines peuvent percer la bâche et créer des fuites. La qualité de la bâche peut suffire à éviter le problème, mais le plus efficace reste au moment de la pose de la bâche. Il faut éviter tous cailloux sous la bâche et tous plis de la bâche, qu’elle soit bien tendue tout en épousant bien la topographie du sol. Cela peut être un exercice difficile. Il faut ensuite la fixer au mieux, en faisant des boudins de terre tout autour ou en ajoutant des pierres suffisamment lourdes pour la tenir et combler entre les pierres avec de la terre.
Pour empêcher les plantes de percer la bâche, il est possible de les garder en pot ou en panier. Ainsi, elles auront une terre pour pousser et leurs racines ne poseront pas de problème. Il faut tout de même vérifier régulièrement, car quelques racines ont tendance à essayer de sortir du pot. Il convient de mettre les pots à différentes profondeurs, car chaque plante a ses exigences. Certaines préfèrent un léger fond d’eau de moins de 10 cm, d’autres préfèrent une grande profondeur d’une cinquantaine de centimètres.
Les bâches des mares peuvent parfois se couvrir d’une pellicule verte. C’est une multitude de planctons, bactéries, etc, qui vivent à la surface de la bâche. Elles représentent un réel allié pour conserver une bonne qualité d’eau. Il vaut mieux la conserver. On appelle cette pellicule le biofilm.